甲狀腺結節經過超音波檢查及穿刺細胞判讀，有小部份（約5%）會確認是甲狀腺癌，建議要接受治療。

甲狀腺癌有分化良好的癌以及分化不好的癌。前者包括甲狀腺乳突癌跟甲狀腺濾泡癌，適當的治療，10年的存活率可達90%以上，是屬於非常良性的癌。如果甲狀腺癌的大小在2公分以下，沒有淋巴轉移也沒有突出到甲狀腺外面，可選擇只開刀切除一葉。若是2～3公分以上，則建議二葉甲狀腺全切除。差異在於二葉甲狀腺全切除後，可再加做放射碘治療，有機會摧毀殘餘在身體裡分化良好的甲狀腺癌細胞。再長期補充甲狀腺素來供應身體所需的甲狀腺素，同時抑制身體裡可能還殘存的癌細胞，不要再茁壯。

至於極少見的分化不好的甲狀腺癌或未分化癌或髓質癌，屬於較惡性的癌症。髓質癌無論大小，都建議全切除。但由於甲狀腺素無法抑制髓質癌。因此，如果再復發，目前也沒有太好的辦法可以治療。至於未分化癌，則是甲狀腺癌裡的超級大魔王，開不開刀對預後影響不大。臨床上，當病人診斷為未分化癌時，約有5成平均餘命不到1年，30%的病人更可能在2至3個月內撒手人寰。目前有新的標靶療法，或有可能可延長數年的存活時間，這幾類惡性度高的甲狀腺癌，治療上仍極具挑戰。